由于单位发放给员工的年终奖形式不同，个人所得税计算方法也不尽相同。

1、员工当月的工资薪金超过【3500】元，再发放的年终奖单独作为一个月的工资计算缴纳个人所得税。全年一次性奖金，单独作为一个月计算时，除以12找税率，但计算税额时，速算扣除数只允许扣除一次。

2、员工当月的工资薪金不超过3500元，再发放的年终奖单独作为一个月的工资计算缴纳个人所得税。但可以将全年一次性奖金减除“雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额”后的余额，作为应纳税所得额。其中“雇员当月工资薪金所得”以收入额扣除规定标准的免税所得(如按规定缴纳的社会保险和住房公积金等)后的数额。

3、员工一个年度在两个以上单位工作过，只能按照国税发【2005】9号文件规定，在一个纳税年度内，对每一个纳税人年终奖计税办法只允许采用一次，纳税人可以自由选择采用该计税办法的时间和发放单位计算。该条款的要点是：一个员工2013年1月发放的年终奖适用了除以12找税率的优惠计算政策，2013年其它月份就不能再适用了；2，一个员工一年一次，在两处以上取得年终奖，也只能适用一次。

4、员工无论在本单位工作多长时间，都可以按照国税发【2005】9号文件规定：“先将雇员当月内取得的全年一次性奖金，除以12个月，按其商数确定适用税率和速算扣除数”。如果取得年终奖的职员在本年度工作未满12个月，也应除以“12”来确定适用税率，因为一年一个人只能用一次。

5、补发年终奖需要在发放时按规定计算缴纳个人所得税。国税发【2005】9号文件规定：“雇员取得除全年一次性奖金以外的其它各种名目奖金，如半年奖、季度奖、加班奖、先进奖、考勤奖等，一律与当月工资、薪金收入合并，按税法规定缴纳个人所得税”。年终奖本月发放了一部分,按税法的有关规定计算了个人所得税,后在次月又补发年终奖,不能与上月的年终奖合并计算个人所得税,应合并到再发放当月工资中计算个人所得税。

6、员工同一月份在两个以上单位取得年终奖，可以选择一个单位的一次性奖金按照国税发[2005]9号文件优惠办法计算，从另一单位取得的年终奖合并到当月工资薪金项目缴税。

国税发【2005】9号文件规定：“在一个纳税年度内，对每一个纳税人，该计税办法只允许采用一次”。如果同一个人同月在两个企业都取得了年终一次性奖金，纳税人在自行申报时，不可以将这两项奖金合并计算缴纳个人所得税，享受一次性奖金的政策;对该个人按规定只能享受一次全年一次性奖金的优惠算法。

7、实行年薪制和绩效工资的单位，个人取得年终兑现的年薪和绩效工资也要按国税发【2005】9号文件规定计算缴纳个人所得税，并且在一个纳税年度内，对每一个纳税人，该计税办法只允许采用一次。

8、关于雇主为雇员代付全年一次性奖金全部或部分税款问题，年终奖的个人所得税，无论是自行缴纳、代扣代缴，还是雇主为雇员代付全部或部分税款，其缴纳的个人所得税税额是相同的。如有不同，一定出现了错误。

9、多发1元年奖金，可能导致多交一万元的个人所得税--关注年终奖个人所得税无效问题。由于国税发[2005]9号文件规定的年终奖计算方法是：先将雇员当月内取得的全年一次性奖金，除以12个月，按其商数确定适用税率和速算扣除数。而计算公式的应纳税额=雇员当月取得全年一次性奖金×适用税率-速算扣除数。其中，年终奖除12找税率，但只允许减除一次“速算扣除数”，而不是十二次，由此导致在计算年终奖个人所得税时会出现员工应缴纳的个人所得税，并不与年终奖额度同比例增加。由此造成应得年终奖金额度高的员工，可能要比年终资金额度低的员工实际到手的会更少。